Sos pomidorowy:do rondelka włożyć pomidory z puszki, doprawić solą i pieprzem, dodać cukier, wypestkowaną chili, oregano, przekrojony czosnek oraz opcjonalnie koper włoski i ocet balsamiczny. Wymieszać, zagotować, przykryć i gotować pod przykryciem przez 15 minut, na koniec zmiksować.
Muszelki makaronowe wrzucić na osolony wrzątek i gotować al dente, zgodnie z instrukcją na opakowaniu. Odcedzić na sitku. Karczochy wyjąć z zalewy i pokroić na około 1 cm kawałki. Szynkę parmeńską pokroić na kawałki i włożyć na patelnię, mieszając smażyć przez około 1-2 minuty. Ser Gruyère zetrzeć na tarce o małych oczkach.
Do miski włożyć karczochy, szynkę, 2/3 ilości sera oraz mascarpone. Doprawić gałką muszkatołową, świeżo zmielonym pieprzem oraz suszonym oregano, delikatnie wymieszać.
Piekarnik nagrzać do 210 stopni C. Do formy żaroodpornej o wymiarach ok. 16 x 26 cm wlać sos, na wierzchu układać muszelki nadziane farszem (starać się do każdej włożyć po kawałku karczocha, szynki i mascarpone). Muszle posypać resztą sera, ułożyć połówki pomidorków (oprószyć je solą i pieprzem), wstawić naczynie do nagrzanego piekarnika i piec przez około 15-20 minut, do czasu aż sos zacznie bulgotać a muszle miejscami się zaczną rumienić. Wyjąc zapiekankę z piekarnika i posypać tartą gałką muszkatołową. Udekorować bazylią i podawać.